Gestion, animation et développement des activités d'un conservatoire botanique national sur son aire d'activité : connaissance de la flore sauvage et des habitats naturels, conservation in situ et ex situ de la flore rare et/ou menacée, expertise et appui technique, information du public et des pouvoirs publics ; développer ces actions pour les insectes et plus généralement les invertébrés ; nouer des partenariats privilégiés notamment avec l'etat et les collectivités; consacrer l'activité à la connaissance, la conservation, l'évaluation et la valorisation du patrimoine végétal et entomologique dans toute sa diversité ; intervenir sur la région franche-comté et dans les départements voisins après convention avec les cbn concernés
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